生物有機肥可以調節土壤，激活土壤中微生物的活性率，克服土壤壓實，增加土壤透氣性。減少水分流失和蒸發，減少干旱壓力，保存肥料，減少化肥，減少鹽害，在減少化肥用量或逐步取代化肥的情況下，提高土壤肥力，使糧食作物、經濟作物、蔬菜、水果和蔬菜產量大大增加。
增強作物抗病性和抗逆性，減少作物連作引起的病害和土傳病害，降低病害發生率:對花葉病、黑脛病、炭疽病防治有較好的效果，增強作物對不利環境的綜合防御能力。化肥用量的減少相應地降低了農產品中硝酸鹽的含量。結果表明:生態有機肥可使蔬菜硝態氮含量平均降低48.3~87.7，氮、磷、鉀含量平均提高5~20，維生素C增加，總酸含量降低，還原糖增加，糖酸比增加，尤其是番茄、生菜、黃瓜等，可明顯改善生食部位的口感。
