1. 土壤的濕度
菌種在水分適宜的土壤中才可以生長繁殖，土壤不應過干或過濕，施用菌肥后要立即澆透水，但大多數的菌種屬于好氧菌，應進行劃鋤提高土壤的透氣性，避免因缺氧造成菌失活。
2. 土壤的溫度
18—25的溫度之間，菌種的生命活動是最活躍的。當溫度降到10度以下就會降低生命活動的活躍性，降到5度以下就會導致菌進入到休眠狀態甚至導致其死亡。
冬天施用微生物肥料，盡量在大棚作物中施用，并且應將白天的溫度保持在25—30度之間，晚上時溫度較低，可采取覆蓋地膜、秸稈等措施保溫，也可以通過補光燈的方式提高溫度。
3.土壤的酸堿度
最適宜菌種繁殖的土壤pH值在6.5—7.5之間，過酸或過堿的土壤，不利于菌種的存活。
另外菌的生命活動需要通過分解有機質提供的能量，所以在施用菌肥之間要確定土壤中有機質的含量充足，因此想要菌肥效果好，需要改善土壤酸堿度，配合使用有機肥。
除了以上幾點，在購買微生物肥料時不要因為便宜或其他原因購買較多的肥料，這樣會影響肥效，并且儲存時也要格外注意：
4. 長期放置影響菌的活性
微生物肥料主要是依靠活性菌在起作用，但是菌種有一定的保存期限，目前大多數的活菌產品的保質期都在一年，最長一般不會超過兩年的時間。
所以購買后的肥料要盡快使用，不要大量囤貨，否則長期放置很有可能會使菌的休眠期被打敗，導致菌的死亡。
5. 正確的存放地點
為了保證菌的活性，要將其放置在陰涼、干燥、通風，并且避免陽光直射的地方，一旦環境遭受破壞就會導致菌失活。
